这样，他只和那些卑微的朋友们生活着：他的助手和他的疯痴的朋友，还有是更微贱的伴侣——他的家畜：他的母鸡与他的猫。一五五三年安焦利尼在他离家时写信给他道：“公鸡与母鸡很高兴；——但那些猫因为不看见你而非常忧愁，虽然它们并不缺少粮食。”
实在，他是孤独的，而且他愈来愈孤独了。“我永远是孤独的，”他于一五四八年写信给他的侄儿说，“我不和任何人谈话。”他不独渐渐地和社会分离，且对于人类的利害、需求、快乐、思想也都淡漠了。
把他和当代的人群联系着的最后的热情——共和思想——亦冷熄了。当他在一五四四与一五四六年两次大病中受着他的朋友里乔在斯特罗齐家中看护的时候，他算是发泄了最后一道阵雨的闪光，米开朗琪罗病愈时，请求亡命在里昂的罗伯托·斯特罗齐向法王要求履行他的诺言：他说假若弗朗西斯一世愿恢复翡冷翠的自由，他将以自己的钱为他在翡冷翠诸府场上建造一座古铜的骑马像。一五四四年七月二十一日里乔致罗伯托·迪·菲利波·斯特罗齐书。一五四六年，为表示他感激斯特罗齐的东道之谊，他把两座《奴隶》赠与了他，他又把它们转献给弗朗西斯一世。
但这只是一种政治热的爆发——最后的爆发。在他一五四五年和贾诺蒂的谈话中，好几处他的表白类乎托尔斯泰的斗争无用论与不抵抗主义的思想：“敢杀掉某一个人是一种极大的僭妄，因为我们不能确知死是否能产生若干善，而生是否能阻止若干善。因此我不能容忍那些人，说如果不是从恶——即杀戮——开始决不能有善的效果。时代变了，新的事故在产生，欲念亦转换了，人类疲倦了……而末了，永远会有出乎预料的事情。”
同一个米开朗琪罗，当初是激烈地攻击专制君主的，此刻也反对那些理想着以一种行为去改变世界的革命家了，他很明白他曾经是革命家之一；他悲苦地责备的即是他自己。如哈姆莱特一样，他此刻怀疑一切，怀疑他的思想、他的怨恨、他所信的一切。他向行动告别了。他写道：“一个人答复人家说：‘我不是一个政治家，我是一个诚实之士，一个以好意观照一切的人。’他是说的真话。只要我在罗马的工作能给我和政治同样轻微的顾虑便好！”一五四七年致他的侄儿利奥那多书。
实际上，他不复怨恨了。他不能恨。因为已经太晚：“不幸的我，为了等待太久而疲倦了，不幸的我，达到我的愿望已是太晚了！而现在，你不知道么？一颗宽宏的、高傲的、善良的心，懂得宽恕，而向一切侮辱他的人以德报怨！”诗集卷一百○九第六十四首。在此，米氏假想一个诗人和一个翡冷翠的流戍者的谈话——很可能是在一五三六年亚历山大·特·梅迪契被洛伦齐诺刺死后写的。
他住在ＭａｃｅｌｄｅＣｏｒｖｉ’，在特拉扬古市场的高处。他在此有一座房子，一所小花园。他和一个男仆、一个女佣、许多家畜占据着这住宅。在他的仆役之中，有过一个法国人叫做理查的。他和他的仆役们并不感到舒服。因为据瓦萨里说：“他们老是大意的、不洁的。”他时常更调仆役，悲苦地怨叹。一五五○年八月十六日，他写信给利奥那多说：“我要一个善良的清洁的女仆但很困难：她们全是脏的，不守妇道的，我的生活很穷困，但我雇用仆役的价钱出得很贵。”他和仆人们的纠葛，与贝多芬的差不多。一五六○年他赶走了一个女佣之后喊道：“宁愿她永没来过此地！”
他的卧室幽暗如一座坟墓。诗集卷八十一。“蜘蛛在内做它们种种工作，尽量纺织。”同前。——在楼梯的中段，他画着背负着一口棺材的《死》像。棺材上写着下面一首诗：“我告诉你们，告诉给世界以灵魂肉体与精神的你们：在这具黑暗的箱中你们可以抓握一切。”
他和穷人一般生活，吃得极少，瓦萨里记载：“他吃得极少。年轻时，他只吃一些面包和酒，为要把全部时间都放在工作上。老年，自从他作《最后之审判》那时起，他习惯喝一些酒，但只是在晚上，在一天的工作完了的时候，而且极有节制地。虽然他富有，他如穷人一般过活。从没有（或极少）一个朋友和他同食：他亦不愿收受别人的礼物；因为这样他自以为永远受了赠与人的恩德要报答。他的俭约的生活使他变得极为警醒，需要极少的睡眠。”“夜间不能成寐，他起来执着巨剪工作。他自己做了一项纸帽，中间可以插上蜡烛，使他在工作时双手可以完全自由，不必费心光亮的问题”。瓦萨里留意到他不用蜡而用羊油蕊作烛台，故送了他四十斤蜡。仆人拿去了，但米开朗琪罗不肯收纳。仆人说：“主人，我拿着手臂要断下来了，我不愿拿回去了。如果你不要，我将把它们一齐插在门前泥穴里尽行燃起。”于是米开朗琪罗说：“那么放在这里吧；因为我不愿你在我门前做那傻事。”（瓦萨里记载）他愈老，愈变得孤独。当罗马一切睡着的时候，他隐避在夜晚的工作中：这于他已是一种必需。静寂于他是一件好处，黑夜是一位朋友：“噢夜，噢温和的时间，虽然是黝暗，一切努力在此都能达到平和，称颂你的人仍能见到而且懂得；赞美你的人确有完美的判别力。你斩断一切疲乏的思念，为潮润的阴影与甘美的休息所深切地透入的；从尘世，你时常把我拥到天上，为我希冀去的地方。噢死的影子，由了它，灵魂与心的敌害——灾难——都被挡住了，悲伤的人的至高无上的救药啊，你使我们病的肉体重新获得健康，你揩干我们的泪水，你卸掉我们的疲劳，你把好人洗掉他们的仇恨与厌恶。”诗集卷七十八。
有一夜，瓦萨里去访问这独个子在荒凉的屋里，面对着他的悲怆的《哀悼基督》的老人：瓦萨里叩门，米开朗琪罗站起身来，执着烛台去接应。瓦萨里要观赏雕像；但米开朗琪罗故意把蜡烛堕在地下熄灭了，使他无法看见。而当乌尔比诺去找另一支蜡烛时，他转向瓦萨里说道：我是如此衰老，死神常在拽我的裤脚，要我和它同去。一天，我的躯体会崩坠，如这支火炬一般，也像它一样，我的生命的光明会熄灭。”
死的意念包围着他，一天一天地更阴沉起来。他和瓦萨里说：“没有一个思念不在我的心中引起死的感触。”一五五五年六月二十二日书。
死，于他似乎是生命中惟一的幸福：
“当我的过去在我眼前重现的时候——这是我时时刻刻遇到的，——喔，虚伪的世界，我才辨认出人类的谬妄与过错。相信你的谄谀，相信你的虚幻的幸福的人，便是在替他的灵魂准备痛苦与悲哀。经验过的人，很明白你时常许诺你所没有、你永远没有的平和与福利。因此最不幸的人是在尘世羁留最久的人；生命愈短，愈容易回归天国……”诗集卷一百○九第三十二首。
“由长久的岁月才引起我生命的终点，喔，世界，我认识你的欢乐很晚了。你许诺你所没有的平和，你许诺在诞生之前早已死灭的休息……我是由经验知道的，以经验来说话：死紧随着生的人才是惟一为天国所优宠的幸运者。”诗集卷一百○九第三十四首。
他的侄儿利奥那多庆祝他的孩子的诞生，米开朗琪罗严厉地责备他：“这种铺张使我不悦。当全世界在哭泣的时候是不应当嬉笑的。为了一个人的诞生而举行庆祝是缺乏知觉的人的行为。应当保留你的欢乐，在一个充分地生活了的人死去的时候发泄。”一五五四年四月致瓦萨里书，上面写道“一五五四年四月我不知何日”。
翌年，他的侄儿的第二个孩子生下不久便夭殇了，他写信去向他道贺。
大自然，为他的热情与灵智的天才所一向轻忽的，在他晚年成为一个安慰者了。虽然他在乡间度过不少岁月，但他一向忽视自然。风景在他的作品中占有极少的地位；它只有若干简略的指示，如在西斯廷的壁画中。在这方面，米氏和同时代的人——拉斐尔、提香、佩鲁吉诺、弗朗奇亚、达·芬奇——完全异趣。他瞧不起佛兰芒艺人的风景画，那时正是非常时髦的。一五五六年九月，当罗马被西班牙阿尔贝大公的军队威胁时，他逃出京城，道经斯波莱泰，在那里住了五星期。他在橡树与橄榄树林中，沉醉在秋日的高爽清朗的气色中。十日杪他被召回罗马，离开时表示非常抱撼。——他写信给瓦萨里道：“大半的我已留在那里；因为惟有在林中方能觅得真正的平和。”
回到罗马，这八十二岁的老人作了一首歌咏田园，颂赞自然生活的美丽的诗，在其中他并指责城市的谎骗；这是他最后的诗，而它充满了青春的朝气。
但在自然中，如在艺术与爱情中一样，他寻求的是神，他一天一天更迫近他。他永远是有信仰的。虽然他丝毫不受教士、僧侣、男女信徒们的欺骗，且有时还挖苦他们，一五四八年，利奥那多想加入洛雷泰的朝山队伍，米开朗琪罗阻止他，劝他还是把这笔钱做了施舍的好。“因为，把钱送给教士们，上帝知道他们怎么使用！”（一五四八年四月七日）皮翁博在蒙托廖的圣彼得寺中要画一个僧侣，米开朗琪罗认为这个僧侣要把一切都弄坏了：“僧侣已经失掉了那么广大的世界；故他们失掉这么一个小教堂亦不足为奇。”在米开朗琪罗要为他的侄儿完姻时，一个女信徒去见他，对他宣道，劝他为利奥那多娶一个虔敬的女子。米氏在信中写道：“我回答她，说她还是去织布或纺纱的好，不要在人前鼓弄簧舌，把圣洁的事情当作买卖做。”（一五四九年七月十九日）但他似乎在信仰中从未有过怀疑。在他的父亲与兄弟们患病或临终时，他第一件思虑老是要他们受圣餐。一五一六年十一月二十三为了父亲的病致博纳罗托书，与一五四八年正月为了兄弟乔凡·西莫内之死致利奥那多书提及此事。他对于祈祷的信心是无穷的；“他相信祈祷甚于一切药石”；一五四九年四月二十五致利奥那多书。他把他所遭受的一切幸运和他没有临到的一切灾祸尽归之于祈祷的功效。在孤独中，他曾有神秘的崇拜的狂热。“偶然”为我们保留着其中的一件事迹：同时代的记载描写他如西斯廷中的英雄般的热狂的脸相，独个子，深夜，在罗马的他的花园中祈祷，痛苦的眼睛注视着布满星云的天空。弗拉·贝内德托记载此事甚详。
有人说他的信仰对于圣母与使徒的礼拜是淡漠的，这是不确的。他在最后二十年中全心对付着建造使徒圣彼得大寺的事情，而他的最后之作（因为他的死而没有完成的），又是一座圣彼得像，要说他是一个新教徒不啻是开玩笑的说法了。我们也不能忘记他屡次要去朝山进香；一五四五年他想去朝拜科姆波斯泰雷的圣雅克，一五五六年他要朝拜洛雷泰。——但也得说和一切伟大的基督在一样，他的生和死，永远和基督徒一起。一五一二年他在致父亲书中说：“我和基督一同过着清贫的生活”；临终时，他请求人们使他念及基督的苦难。自从他和维多利亚结交之后——尤其当她死后——这信仰愈为坚固强烈。从此，他把艺术几乎完全奉献于颂赞基督的热情与光荣，后期的雕塑，如十字架，如殉难，如受难像等都是。同时，他的诗也沉浸入一种神秘主义的情调中。他否认了艺术，投入十字架上殉道者的臂抱中去：“我的生命，在波涛险恶的海上，由一叶残破的小舟渡到了彼岸，在那里大家都将对于虔敬的与冒渎的作品下一个判断。由是，我把艺术当作偶像，当作君主般的热烈的幻想，今日我承认它含有多少错误，而我显然看到一切的人都在为着他的苦难而欲求。爱情的思想，虚妄的快乐的思想，当我此刻已迫近两者之死的时光，它们究竟是什么呢？爱，我是肯定了，其他只是一种威胁。既非绘画，亦非雕塑能抚慰我的灵魂。它已转向着神明的爱，爱却在十字架上张开着臂抱等待我们！”诗集卷一百四十七。但在这颗老耄的心中，由信仰与痛苦所激发的最精纯的花朵，尤其是神明般的恻隐之心。这个为仇敌称为贪婪的人，这些流言是拉莱廷与班迪内利散布的。这种谎话的来源有时因为米开朗琪罗在金钱的事情上很认真的缘故。其实，他是非常随便的；他并不记账；他不知道他的全部财产究有若干，而他一大把一大把地把钱施舍。他的家族一直用着他的钱。他对于朋友们、仆役们往往赠送惟有帝王所能赐与般的珍贵的礼物。他的作品，大半是赠送的而非卖掉的；他为圣彼得的工作是完全尽义务的。再没有人比他更严厉地指斥爱财的癖好了，他写信给他的兄弟说：“贪财是一件大罪恶。”瓦萨里为米氏辩护，把他一生赠与朋友或信徒的作品一齐背出来，说“我不懂人们如何能把这个每件各值几千金币的作品随意赠送的人当作一人贪婪的人”。一生从没停止过施惠于不幸的穷人，不论是认识的或不认识的。他不独对他的老仆与他父亲的仆人，——对一个名叫莫娜·玛格丽塔的老仆，为他在兄弟死后所收留，而她的死使他非常悲伤，“仿佛死掉了他自己的姊妹那样”；一五三三年致兄弟乔凡·西莫内信；一五四○年十一月到利奥那多信。对一个为西斯廷教堂造台架的木匠，他帮助他的女儿嫁费……瓦萨里记载。——表露他的动人的真挚之情，而且他时时在布施穷人，尤其是怕羞的穷人。他爱令他侄子与侄女参与他的施舍，使他们为之感动，他亦令他们代他去做，但不把他说出来：因为他要他的慈惠保守秘密。一五四七年致利奥那多书：“我觉得你太不注意施舍了。”一五四七年八月：“你写信来说给这个女人四个金币，为了爱上帝的缘故，这使我很快乐。”一五四九年三月二十九日：“注意，你所给的人，应当是真有急需的人，且不要为了友谊而为了爱上帝之故。不要说出钱的来源。”“他爱实地去行善，而非貌为行善。”孔迪维记载。由于一种极细腻的情感，他尤其念及贫苦的女郎：他设法暗中赠与她们少数的奁资，使她们能够结婚或进入修院。他写信给他的侄儿说：“设法去认识一个有何急需的人，有女儿要出嫁或送入修院的。（我说的是那些没有钱而无颜向人启齿的人。）把我寄给你的钱给人，但要秘密地；而且你不要被人欺骗……”一五四七年八月致利奥那多书。
此外，他又写：
“告诉我，你还认识有别的高贵的人而经济拮据的么？尤其是家中有年长的女儿的人家。我很高兴为他们尽力。为着我的灵魂得救。”一五五○年十二月二十日致利奥那多书。